תוואי המסילה עתיד לעבור במרחק קטן מאוד משכונותיה החדשות של קיבוץ יגור וחברי הקיבוץ חוששים מירידה משמעותית באיכות חייהם. ברכבת ישראל מאמינים שהקו יביא לפיתוח העמק וגם יתרום לרווחת תושבי קיבוץ יגור, אך חברי הקיבוץ טוענים מנגד, שלרכבת אין הצדקה כלכלית, ושמה שעומד מאחורי ההחלטה לחידוש המסילה בתוואי המתוכנן, הוא בעיקר מניע פוליטי.
