המטרה של הלימודים לתואר שני בהנדסת תעשייה וניהול היא לאפשר הלכה למעשה (לאלה שסיימו בהצלחה לימודים של תואר ראשון בהנדסת תעשייה וניהול או בתחומים חופפים) לרכוש ידע עדכני ומעשי ומגוון של מיומנויות בתחום, וכל זאת במטרה שיוכלו להשתלב במגוון גדול של משרות ניהוליות בעולם התעשייה, ההייטק, או האקדמיה.
במסגרת הלימודים לתואר זה ילמדו הסטודנטים את כל מה שצריך כדי להתמקצע בשיטות שונות של הנדסה, טכנולוגיה, כלים ועוד מיומנויות רבות ונוספות. התואר השני מעניק לבוגרים שסיימו בהצלחה יתרון גדול מאוד בתחרות הקיימת על תפקידים בשוק העבודה. בנוסף, תואר שני בהנדסת תעשייה וניהול מאפשר כיוונים רבים של תעסוקה, ומעשיר בידע מעשי. מהנדסי תעשייה וניהול נהנים מענף רב תחומי, שמאפשר להם מגוון גדול של אפשרויות בשוק העבודה מיד עם תום הלימודים.
חשוב להדגיש שבשנים האחרונות ישנה מגמה בקרב מוסדות הלימוד להרחיב את הלימודים אל מעבר לתחומים ה"רגילים" בתחום, וישנה מגמה חזקה להכשיר סטודנטים גם בתחומים אחרים כמו: ניהול מערכות מידע, ניהול מערכות בריאות, תחבורה, ועוד. בחלק ממוסדות הלימוד מאפשרים לסטודנטים את האפשרות לבחור בין מסלול מחקרי לבין מסלול לא מחקרי(ללא תזה).