התוכנית פועלת באישור המל"ג מאז 2003, ובסתיו הקרוב יתחילו את לימודיהם בבינתחומי תלמידי מחזור המוסמך השלישי.
הדו"ח המסכם של המל"ג מציין "כי המרכז הבינתחומי העמיד תוכנית לימודים טובה לתואר שני במדעי המחשב, הן מבחינת תכניה ורמתה, והן מבחינת סגל ההוראה שלה".
תוכנית הלימודים לתואר שני M.SC, בנויה באופן גמיש, מבחר של קורסי בחירה. על תלמידי המוסמך לבחור בין שלושה מסלולי לימוד: מסלול המדגיש את הפן המחקרי ומשתלב עם פרוייקטי מחקר של אנשי הסגל, מסלול בעל אופי יישומי המסתיים בפרוייקט גמר או מסלול המבוסס על קורסים בלבד, ללא פרוייקט גמר.
