ההחלטה שהתקבלה בנוגע לעתידה של מכללת יהודה ושומרון עוררה מחלוקות רבות ולבסוף אושרה ברוב של 13 נגד 7 שרים, ונמנעת אחת, דליה איציק. לעומת זאת, אישור הקמתה של אוניברסיטה בגליל, התקבלה ללא התנגדויות מיוחדות.
ההתנגדויות להקמתה של מכללת יהודה ושומרון, באו כאמור ממפלגת העבודה; שר הפנים אופיר פינס, התנגד לקישור בין שתי המכללות. לטענתו, קישור בין השתיים מטעמים פוליטיים, עלול להביא למצב של אי הקמת אף אחת מהאוניברסיטאות. וקרא להקמתה של אוניברסיטה בגליל ולא ביהודה ושומרון.
השר יצחק הרצוג אמר כי הקמת אוניברסיטה באריאל, משרתת צרכים פוליטיים ועל מקבלי ההחלטות לראות לנגד עינייהם את האינטרסים החינוכיים והחברתיים.
מנגד, ראש הממשלה, אריאל שרון, ושרי הליכוד, תמכו בהחלטה להפיכת המכללה באריאל לאוניברסיטה. ראש הממשלה שרון אמר כי המהלך תואם את עמדת הממשלה, שרואה במסגרת יעדיה את חיזוק גושי ההתיישבות.
המכללה האקדמית יהודה ושומרון מונה מגוון גדול של מחלקות בפקולטות השונות:
הפקולטה להנדסה- הנדסת מכונות, חשמל ואלקטרוניקה, כימיה וביוטכנולוגיה, הנדסה אזרחית תעשייה וניהול; המחלקה לארכיטקטורה; הפקולטה למדעי החברה- כלכלה ומנהל עסקים, מדעי התנהגות, עבודה סוציאלית, רב תחומי במדעי החברה והרוח, ישראל במזרח התיכון; הפקולטה למדעי הבריאות- מדעי התזונה, מנהל מערכות בריאות, פיזיותרפיה; הפקולטה למדעי הטבע- פיזיקה יישומית, ביולוגיה מולקולרית, כימיה ביולוגית, מדעי המחשב ומתמטיקה.
הקמת התשתית המחקרית והניהולית, מאפשרת לחוקרים במכללה פעילות בחזית המחקרית העולמית ופעילות מחקרית יישומית לצידה. במכללה קיימת תשתית אקדמית הכוללת ספריה ענפה, מערך מחשוב מודרני, מעבדות מודרניות , ומערכת ניהול אקדמית (רקטור/מנל"א, דיקנים, רמח"ים, סנאט, מועצות פקולטה וכד').
לדברי פרופ' דן מאירשטיין, נשיא המכללה: "המכללה האקדמית יהודה ושומרון הקימה תשתית אקדמית וראויה לכן להיות האוניברסיטה הבאה במדינת ישראל. אין ספק שהמכללה עונה על כל הקריטריונים האקדמיים הדרושים על מנת להפוך לאוניברסיטה. האוניברסיטה האחרונה הוקמה בישראל ב 1970. מאז הוכפלה אוכלוסיית המדינה וגם לכן יש צורך בהקמת אוניברסיטה נוספת"
יגאל כהן -אורגד, יו"ר הועד הפועל של המכללה מוסיף כי: "השיפוט להסבת המכללה לאוניברסיטה חשוב שייעשה על בסיס הישגיה האקדמיים והמחקריים אותם צברה המכללה במשך 23 שנות קיומה.
