בית הדין לערעורים של עובדי הסגל האקדמי של האוניברסיטה העברית בירושלים קבע כי פרופסור בן-ארי יפוטר. כמו כן הוא יהיה פסול לצמיתות להנחות סטודנטים. כפי שנאמר בבית הדין: אדם זה אינו ראוי להמשיך ולשמש איש סגל באוניברסיטה.
הדיון בעניין פרופסור אייל בן ארי התקיים בגין ניצול יחסי מרות וקיום יחסים אינטימיים עם סטודנטיות מן המוסד. בגזר הדין שניתן קובעים יו"ר בית הדין, פרופסור פנחס שיפמן, ושתי חברות נוספות בבית הדין כי עונשו של הנידון יהא פיטורין מן האוניברסיטה. כמו כן הודגש בגזר הדין כי בן ארי יהיה פסול לצמיתות להנחות או להדריך סטודנטים באוניברסיטה, אפילו אם יתברר שכגמלאי היה רשאי למלא תפקיד מסוג זה.
על פי בית הדין, העונש החמור ניתן משום החשש מן המסר העלול להצטייר, לפיו נוקטת האוניברסיטה בגישה סלחנית כלפי אנשי סגל שעשו טעות מסוג זה, ומוכנה להעלים עין מפגיעות חמורות בסטודנטיות.
בית הדין קבע כי זהו דפוס פעולה שיטתי שבו אותו מרצה ניצל לרעה, או ניסה לנצל לרעה את תלמידותיו. אותו איש סגל כריזמטי, רב כוח ורב השפעה חיזק את תלות הסטודנטיות בו והעניק להן תחושה כי כל עתידן האקדמי תלוי בו, בין היתר להמלצות ללימודים במוסדות בחו"ל.
בית הדין קבע כי הצעותיו של המרצה פגעו בתלמידות ובכבודן, באמינות ההערכה המדעית, וכן הסבו נזק רב למוניטין של האוניברסיטה.
בפסק הדין נכתב כי "לדעתנו אדם כזה תהא פעילותו רבת השנים כחוקר, כמדען בתחומו וכמורה איננו ראוי להמשיך ולשמש איש סגל באוניברסיטה העברית ואיננו ראוי עוד שלמש מנחה ומדריך לסטודנטים בעבודתם ובמחקרם. לא ייתכן שבחלוף שנתיים ישוב מי שעשה מעשים כה חמורים למשרתו הקודמת, ועולם כמנהגו ינהג. כל איש סגל וכל תלמיד או תלמידה צריכים לדעת שהאוניברסיטה העברית לא תסבול תופעות אלה, או דומות להן, ותשפוט אותן בחומרה''.
הנהלת האוניברסיטה הביעה שביעות רצון מן החלטת בית הדין ותמשיך לפעול למען מניעת מקרים שכאלו. היא רואה בחומרה רבה את המעשים בהם הורשע פרופסור בן ארי ומצהירה כי תפעל למען סביבת עבודה ולימודים הולמת וראויה.
האוניברסיטה החליטה להעמיד את פרופסור בן ארי לדין למרות שבפרקליטות החליטו שלא לתבוע בגין התיישנות המקרה.
