המועצה להשכלה גבוהה החליטה להטיל סנקציות על שנקר בית הספר הגבוה להנדסה ועיצוב, בעקבות ממצאי דו"ח בקורת פנימי שהעלו אי סדרים בניהול בית הספר. על פי עיתון "הארץ", הדו"ח לא הוגש על ידי שנקר למל"ג וזו החליטה לעכב אישור תכניות לימוד חדשות של בית הספר.
דו"ח הביקורת הפנימי מצא כי גופי הניהול שלו נוטים לפאסיביות יתר: הוועד המנהל וחבר הנאמנים מתפקדים באופן לקוי, לא מתקיימים דיונים בסוגיות מרכזיות, אין תהליך של קבלת החלטות ובמרבית הדיונים נושאים אופי חד צדדי של דיווח בלבד מנשיא המכללה. על פי הפרסום ב"הארץ", בדו"ח עולה גם כי התוכנית האקדמית לטווח הארוך לא אושרה כנדרש לפי תקנון שנקר וכללי המל"ג. כמו כן, העלה המבקר הפנימי, עזרא יהודה, את העובדה כי נשיא המכללה מחזיק בתפקידו תקופה החורגת מכללי המועצה הגבוהה. חבר הנאמנים של בית הספר להנדסה ולעיצוב שנקר דחה את המסקנות המרכזיות שעלו מדו"ח בביקורת והחליט שנשיא שנקר, הפרופ' אמוץ וינברג, ימשיך לכהן בתפקידו.
פרופ' וינברג משמש כנשיא שנקר מזה 12 שנים, למרות שהנחיות המועצה להשכלה גבוהה מגבילות את כהונת נשיאי המכללות לעשר שנים בלבד. על פי הדיווח ב"הארץ", לפני ישיבת חבר נאמנים של בית הספר, הודיע סטיבן רובין, יו"ר חבר הנאמנים, כי לאור חומרת הממצאים בדו"ח עליו להקים ועדה לחיפוש נשיא חדש לשנקר. עם זאת, בישיבה החליטו חברי חבר הנאמנים ברוב של 48 נגד 3 לבטל את הקמתה, ולאשר את המשך כהונתו של ויינברג כנשיא עד 2010. "בישיבה לא התקיים דיון מעמיק בדו"ח המבקר" מסר רובין, שהחליט להתפטר מתפקידו. "חבר הנאמנים סירב לאפשר למבקר להציג את תמצית הדו"ח ומצגת שהכין".
משנקר טרם העבירו למל"ג את הדו"ח, למרות שהתבקשו לעשות כן כבר לפני שבועיים. בשל כך ובשל חריגות נוספות לכאורה מכללי הניהול שקבעה המל"ג, הוחלט לנקוט בסנקציות ולעכב את אישורן של תוכניות לימוד חדשות.
