בשונה מהלימודים לתואר ראשון במערכות מידע שמתרכזים באופן פעולת המערכות ודרכי השימוש, התואר השני מתמקד בעיקר במחקר ופיתוח, ובתכנון וניהול של המערכות.
ברוב מוסדות הלימוד בתחום זה נדרשים המועמדים לתואר שני בניהול מערכות מידע להיות בעלי תואר ראשון במקצועות ההנדסה השונים, או לחילופין במנהל עסקים או במדעי הטבע והמחשב בממוצע ציונים של בין 80 ל - 85 ומעלה, ובנוסף הם מתבקשים לעבור ראיון אישי לצורך בדיקת התאמתם למקצוע זה.
ברוב המקרים הלימודים לתואר שני בניהול מערכות מידע כוללים בין היתר את הנושאים והתכנים הבאים: הגישה המחקרית בניהול של מערכות מידע, סטטיסטיקה למתקדמים, שיטות המחקר השונות במערכות מידע, לוגיקה ומפרטים פורמליים, כתיבה מדעית באנגלית עסקית, ניתוח של דרישות, בינה מלאכותית ובינה עסקית, ניהול ושימוש במערכות מידע רפואיות, הנדסת תוכנה, אחזור מידע, שיטות מתקדמות בתחום התכנות, ניהול ידע, ניהול תהליכים עסקיים בחברות וארגונים, ועוד מגוון נרחב של נושאי לימוד רבים ומרתקים.
ברוב מוסדות הלימוד הלימודים לתואר שני בניהול מערכות מידע נמשכים כשנתיים. - הכל נקבע בהתאם למסלול התואר הספציפי והמוסד בו בחר הסטודנט להעביר את לימודיו. לימודים בתחום מערכות המידע, הנלמדים כחלק מלימודים של הנדסה, נקראים לימודי הנדסת מידע, ובמקרה זה הם נמשכים ארבע שנים שבסופם יקבלו הבוגרים תואר מהנדס.
הבוגרים של הלימודים לתואר שני בניהול מערכות מידע שסיימו בהצלחה את לימודיהם ועמדו בכל דרישות התואר יכולים להשתלב במגוון רחב של עבודות בתחום ההייטק או בתעשיות אחרות, בארגונים ממשלתיים, בארגונים ציבוריים ופרטיים, וכמו כן יכולים לבחור ללכת לתחום ההוראה והמחקר בתחום. הביקוש בשוק למנהלי מערכות מידע נמצא בעלייה מתמדת בשנים האחרונות – כך שסביר להניח שבוגרי התואר השני בניהול מערכות מידע יצליחו להשתלב במהירות ובקלות יחסית בעבודה רווחית מאוד בתחום זה.
גובה השכר של מנהלי מערכות מידע מושפע בדרך כלל מכמה גורמים שונים כמו: האם העבודה היא בחברה קטנה,בינונית או גדולה, האם מדובר על עבודה במגזר הציבורי או במגזר הפרטי, וכמובן מה מספר שנות הוותק שיש להם בתפקיד זה או בתפקידים דומים בתחום. לרוב במגזר העסקי הפרטי השכר צפוי להיות להיות גבוה יותר מבמגזר הציבורי והממשלתי.
מנהל מערכות מידע מתחיל צפוי להרוויח בששנים הראשונות שכר ממוצע של כ - 15,000 - 18,000 ש"ח חודשי. כעבור כמה שנים של נסיון צפוי השכר לעלות משמעותית ולעמוד על כ - 20,000 - 25,000 ש"ח חודשי.
