בית המשפט העליון בשבתו כבג"ץ החליט לא להתערב בהחלטת הממשלה ולא לאפשר למרכז הבינתחומי הרצליה להתמודד על הקמת מרכזי מצוינות. בהחלטתו ציין בית המשפט כי אין מחלוקת על הרמה המחקרית והאקדמית של העותר, אך עם זאת דחה את העתירה בטענה כי המרכז הבינתחומי אינו מוסד המתוקצב על ידי המדינה.
נשיא המרכז הבינתחומי הרצליה, פרופ' אוריאל רייכמן, הביע צער על כך שמדיניות הממשלה מונעת תחרות ופוגעת בהגשמת המטרה הלאומית של השבת מוחות וקידום המדע בישראל.
הקמת מרכזי המצוינות היא חלק מתוכנית החומש למערכת ההשכלה הגבוהה שהתגבשה במל"ג. במסגרת התוכנית הלאומית, יוקמו באוניברסיטאות עד 30 מרכזי מחקר מתקדמים בעלות כוללת של 1.4 מיליארד שקלים.
במרכז הבינתחומי דרשו לתת להם את האפשרות להתמודד גם כן על הקמת מרכזי מצוינות וטענו כי "חלוקת כספי ציבור למחקר לקבוצה קטנה ומצומצמת של שבע אוניברסיטאות, תוך סגירת האפשרות ממוסדות אקדמיים מתאימים אחרים להתמודד על קבלת הכספים להקמת המרכזים, היא חלוקה שנעשית שלא על בסיס איכות והיא פסולה מיסודה". אולם, כאמור, לאחר מספר דיונים בבג"ץ החליט בית המשפט העליון לדחות את בקשתם.
התפתחות זו הביאה להחלטה של הבינתחומי להפעיל הסכם המשלב אותו כשותף בינלאומי ראשון במרכז המצוינות הגרמני שמרכזו בדרמשטט בתחום ה-IT והעסקים. מרכז המצוינות הגרמני ממומן ב- 400 מיליון ש"ח והוא כולל שלוש אוניברסיטאות טכנולוגיות, שלוש החברות המובילות באירופה בתחום טכנולוגיות המידע, מכוני מחקר גרמניים ובתי תוכנה.
