האוניברסיטה העברית מדורגת בראש מוסדות ההשכלה הגבוהה בישראל מבחינת מספר הציטוטים להם זכו מאמרים מדעיים של חברי הסגל שלה. מספר ציטוטי המאמרים המדעיים של חוקר הוא מדד מרכזי לגבי חשיבות עבודתו האקדמית.
חברת ISI Web of Knowledge מקבוצת Thompson מספקת כלים וידע לניתוח ציטוטים של מאמרים מדעיים. חברה זו ערכה דירוג מקיף לגבי מדדים מדעיים מרכזיים של אוניברסיטאות מרחבי העולם, שכלל 11 שנים של פרסומים מדעיים החל מינואר 1995 ועד דצמבר 2006. מממצאי הדירוג שהתפרסם באחרונה עולה כי האוניברסיטה העברית דורגה במקום הגבוה ביותר בארץ מבחינת מספר הציטוטים של מאמרים מדעיים של חברי הסגל שלה סה"כ 242,888 ציטוטים.
בחלוקה לתחומי ידע דורגה האוניברסיטה העברית במקום הראשון או השני בישראל ב-17 מתוך 20 תחומים שנבחנו. תשעת התחומים בהם דורגה האוניברסיטה העברית במקום הראשון הם: כימיה, מדעי המוח וההתנהגות, מדעי הצמח ובעלי-חיים, מיקרוביולוגיה, פרמקולוגיה וטוקסולוגיה, מדעי כדור הארץ, מדעי החברה, מדעי הסביבה/אקולוגיה ומדעי החקלאות.
מבין 3,328 מוסדות להשכלה גבוהה שנבחנו, דורגה האוניברסיטה העברית במקום ה-109 בעולם, אחריה מדורגת אוניברסיטת תל-אביב במקום ה-114; מכון ויצמן למדע במקום ה-123; הטכניון במקום ה-244; אוניברסיטת בן-גוריון בנגב במקום ה-411; אוניברסיטת בר-אילן במקום ה-553.
תחומי המחקר בהם דורגה האוניברסיטה העברית במקומות גבוהים בדירוג העולמי היו: מתמטיקה - המקום ה-35; מדעי החקלאות - המקום ה-48; רוקחות וטוקסולוגיה - המקום ה-54; כימיה - המקום ה-61.
לדברי נשיא האוניברסיטה העברית פרופ' מנחם מגידור, "ממצאים אלו מהווים אינדיקציה נוספת לכך שהאוניברסיטה העברית ממוקמת בין מוסדות ההשכלה הגבוהה המובילים בעולם".
דירוג ה- timesהתבסס על סולם של משתנים הכוללים: הערכות סגל אקדמי, מספר פרסומים אקדמיים של חברי הסגל, ציטוט מאמרים אקדמיים שכתבו, היחס בין מספר חברי הסגל למספר הסטודנטים וכן סקר שנערך בקרב חברות גלובליות המגייסות בוגרי אוניברסיטאות.
