המרכז הבינתחומי בהרצליה הגיש בתחילת חודש אוגוסט עתירה לבג"ץ נגד ממשלת ישראל, המועצה להשכלה גבוהה (מל"ג) ושר החינוך גדעון סער, המשמש גם כיו"ר מל"ג, נגד ההחלטה להקים מרכזי מצוינות רק באוניברסיטאות.
במרכז הבינתחומי דרשו לתת להם את האפשרות להתמודד גם כן על הקמת מרכזי מצוינות וטענו כי "חלוקת כספי ציבור למחקר לקבוצה קטנה ומצומצמת של שבע אוניברסיטאות, תוך סגירת האפשרות ממוסדות אקדמיים מתאימים אחרים להתמודד על קבלת הכספים להקמת המרכזים, היא חלוקה שנעשית שלא על בסיס איכות והיא פסולה מיסודה".
החודש הוציא בג"ץ צו על תנאי ובו הוא מבקש מגופי הממשלה להסביר ולנמק תוך 30 יום מדוע לא תבוטל ההחלטה לפיה רק אוניברסיטאות רשאיות להגיש בקשות להקמת המרכזים, וכן להסביר למה לא ניתן לאפשר למרכז הבינתחומי להגיש הצעות ולהתמודד על הקמת מרכזי המצוינות.
הקמת מרכזי המצוינות היא חלק מרכזי בתוכנית החומש למערכת ההשכלה הגבוהה שהתגבשה במל"ג. במסגרת התוכנית הלאומית, יוקמו באוניברסיטאות עד 30 מרכזי מחקר מתקדמים במטרה לשפר את המחקר בארץ, ולהביא להשבת מדענים מצטיינים מחו"ל.
הקמת כל מרכז מוערכת בכ- 45 מיליון שקל, כאשר העלות הכוללת של התוכנית עומד על כ- 1.4 מיליארד שקלים.
נשיא המרכז הבינתחומי, פרופ' אוריאל רייכמן, אמר עם הגשת הבג"ץ כי "המרכז הבינתחומי מקיים מחקר אקדמי ברמה הגבוהה ביותר כאשר בין שורותיו נמנים טובי החוקרים והמרצים מהארץ ומהעולם ובין מרציו אנשים שכיהנו כדיקנים, כראשי חוגים ואפילו רקטור לשעבר באוניברסיטאות בישראל. למרכז הבינתחומי שם בינלאומי בתחום המחקר והוא מקיים, באופן שוטף, כנסים אקדמיים אליהם מגיעים טובי החוקרים בעולם. בנוסף, היה המרכז הבינתחומי המוסד האקדמי הראשון בישראל להקים תכניות לימוד מלאות לתארים ראשונים ושניים בשפה האנגלית, בהן לומדים כיום למעלה מ-1,300 סטודנטים מ-74 מדינות בעולם."
