המסלול לתואר שני במחשבת ישראל מתמקד ביצירות המופת של המחשבה היהודית והתרבות היהודית לדורותיה. הלימודים משלבים עיון הגותי, פילולוגי והיסטורי ומעניקים ידיעה מעמיקה בתולדות הפילוסופיה היהודית, ברעיונות מוסריים, דתיים, חברתיים, ולאומיים של העם היהודי.
תוכנית הלימודים מיועדת למבקשים להתעמק בלימודי הרוח, הפילוסופיה והמיסטיקה היהודית – מן המחשבה היהודית הקלאסית ועד לכתיבה פילוסופית והגותית בת זמננו, ומטרתה לפתח התמצאות במחשבה היהודית לדורותיה ולהקנות כלים ומיומנויות לניתוח מקורותיה.
העיסוק המעמיק בתחום משפר את יכולתם של הסטודנטים לדון בבעיות דתיות, קיומיות ותרבותיות שמעסיקות את המחשבה הישראלית בימינו, לקדם את הבנתן, ולאפשר התמודדות עם בעיות מהותיות בחברה הישראלית ובהוויה הישראלית ובראשן סוגיות של צדק, רוע ותיקון העולם.
התוכנית מדגישה גם את הזיקה בין מחשבת ישראל למחשבת העמים לאורך ההיסטוריה, ובין רעיונות ודפוסי חשיבה שמאפיינים את המחשבה היהודית בזמן מסוים ובמקום מסוים לבין המציאות ההיסטורית באותה התקופה.
בוגרי המסלול משלבים את הידע והתובנות מלימודיהם בכל תחומי עיסוקם – חינוך והוראה, כתיבה ויצירה, מקצועות הטיפול והרפואה, ניהול עריכת דין.