ההחלטה שהתקבלה בנוגע לעתידה של מכללת יהודה ושומרון עוררה מחלוקות רבות ולבסוף אושרה ברוב של 13 נגד 7 שרים, ונמנעת אחת, דליה איציק. לעומת זאת, אישור הקמתה של אוניברסיטה בגליל, התקבלה ללא התנגדויות מיוחדות.
ההתנגדויות להקמתה של מכללת יהודה ושומרון, באו כאמור ממפלגת העבודה; שר הפנים אופיר פינס, התנגד לקישור בין שתי המכללות. לטענתו, קישור בין השתיים מטעמים פוליטיים, עלול להביא למצב של אי הקמת אף אחת מהאוניברסיטאות. וקרא להקמתה של אוניברסיטה בגליל ולא ביהודה ושומרון.
השר יצחק הרצוג אמר כי הקמת אוניברסיטה באריאל, משרתת צרכים פוליטיים ועל מקבלי ההחלטות לראות לנגד עינייהם את האינטרסים החינוכיים והחברתיים.
מנגד, ראש הממשלה, אריאל שרון, ושרי הליכוד, תמכו בהחלטה להפיכת המכללה באריאל לאוניברסיטה. ראש הממשלה שרון אמר כי המהלך תואם את עמדת הממשלה, שרואה במסגרת יעדיה את חיזוק גושי ההתיישבות.
השר דני נווה אמר, כי התנגדותם של שרי העבודה, הינה פשיטת רגל לאומית וציונית של העבודה שמתנגדת לחיבור מעלה אדומים לירושלים.
